കേരളത്തിലെ വളരെ പുരാതനമായ ക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നാണ് തൃശ്ശൂർ ജില്ലയിലെ ചൂണ്ടൽ ഗ്രാമപഞ്ചായത്തിൽ പെലക്കാട്ടുപയ്യൂർ ദേശത്ത് സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ശ്രീ സുബ്രമണ്യസ്വാമിക്ഷേത്രം. ഗുരുവായൂരിൽ നിന്നും തൃശൂർ റോഡിൽ യാത്രചെയ്താൽ കൂനംമൂച്ചി എത്തുംമുമ്പേ ഒന്നര കിലോമീറ്റർ ഇടതുമാറിയാണ് പയ്യൂർ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമി ക്ഷേത്രം. പെലക്കാട്ടുപയ്യൂരിന്റെ മധ്യഭാഗത്തു സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ഈ മഹാക്ഷേത്രത്തിൽ ക്ഷിപ്രപ്രസാദിയായ ബാലസുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയാണ് പ്രതിഷ്ഠ. കൂടാതെ ഉപദേവനായി ഗണപതിയുമുണ്ട്. ഏഴു ഏക്കറോളം വരുന്ന ഭൂമിയിൽ പണിത ആനപ്പള്ള മതിലിനകത്താണ് ഈ ക്ഷേത്രം നിൽക്കിന്നത്. പൗരാണികതയുടെ അത്ഭുതപ്പെടുത്തുന്ന കൊത്തുപണികൾ ശ്രീകോവിലിനു ചുറ്റും കാണാനാകും. ഏകദേശം ഒരേക്കറോളം കുളമാണ്. ആവണപ്പറമ്പ് മനക്കാരുടേതായിരുന്നു പുരാതനമായ ഈ ക്ഷേത്രം. 1978-ൽ കൊച്ചി ദേവസ്വം ബോർഡിന് കൈമാറി.